در مقاله‌ای منتشرشده توسط وب‌سایت Time Extension، جزئیاتی جالب درباره فرصت از دست‌رفته‌ای فاش شده که می‌توانست مسیر حرفه‌ای هیدئو کوجیما را تغییر دهد. طبق گفته‌های کریستوفر برگ‌استرسر، معاون سابق بخش لایسنسینگ در شرکت Konami Digital Entertainment، خواهران واچوفسکی ، خالقان فیلم تحسین‌شده The Matrix ، علاقه‌مند بودند که کوجیما ساخت یک بازی اقتباسی از این فیلم را برعهده بگیرد.
در آن زمان، کوجیما مشغول توسعه بازی Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty بود و به همین دلیل، این درخواست رد شد. مقاله کامل Time Extension اطلاعات بیشتری در این زمینه ارائه می‌دهد.
هیدئو کوجیما اخیراً در حساب رسمی خود در شبکه اجتماعی X (توییتر سابق) واکنش متفاوتی به این موضوع نشان داده و نوشته است:
«در تمام این ۲۶ سال، هیچ‌کس هرگز به من نگفت که چنین گفت‌وگویی صورت گرفته است.»
او در ادامه توضیح می‌دهد:
«فیلم ماتریکس هنوز در ژاپن اکران نشده بود، اما من قبلاً آن را در سینماهای آمریکا و در یک نمایش خصوصی دیده بودم. زمانی که واچوفسکی‌ها برای تبلیغ فیلم به ژاپن آمدند، فکر می‌کنم سه بار با آن‌ها ملاقات داشتم. صبح آن روز، مصاحبه‌ای با مجله فامیتسو در شینجوکو داشتیم ، در آن جلسه، Geof Darrow نیز حضور داشت. بعدازظهر، آن‌ها به دفتر مرکزی بخش CS شرکت Konami دعوت شدند. در آن زمان، من معاون شرکت KCE JAPAN بودم که یکی از زیرمجموعه‌های کامل کونامی محسوب می‌شد. وقتی به دفتر مرکزی رسیدم، جلسه آن‌ها با [کاسومی] کیتائو، رئیس بخش CS، تازه به پایان رسیده بود.»
کوجیما تأیید می‌کند که در نمایش فیلم و مهمانی مربوطه حضور داشته، اما هیچ اشاره‌ای به پیشنهاد ساخت بازی ماتریکس نشده است.
او ادامه می‌دهد:
«در آن زمان، به‌شدت درگیر توسعه MGS2 بودم و احتمالاً نمی‌توانستم فوراً این پیشنهاد را بپذیرم.»
«اما اگر کسی به من گفته بود، شاید راهی برای عملی شدنش وجود داشت.»
در نتیجه، مشخص شد که کوجیما از علاقه واچوفسکی‌ها برای ساخت بازی ماتریکس بی‌اطلاع بوده و اگرچه در آن زمان امکان پذیرش این پروژه وجود نداشت، شاید در آینده چنین امکانی فراهم می‌شد.
در نهایت، این فرصت به شرکت Shiny Entertainment رسید که در سال ۲۰۰۳ بازی Enter the Matrix را منتشر کرد ، عنوانی که با نقدهای منفی روبه‌رو شد اما همچنان خاطرات خوشی برای بسیاری از دارندگان کنسول PS2 به جا گذاشته است.
