در سال 1989 دوران جنگ سرد به پایان خود نزدیک شده و رقابت برای رسیدن به سلاح هسته‌ای به نظر پایان یافته. با این حال حکومتی نظامی در Zanzibar Land به روی کار می‌آید. کشوری در همسایگی روسیه و چین و قرار گرفته در آسیای مرکزی. بعد از گرفتن استقلال خود از روسیه به واسطه جنگ‌های نظامی، زنزیبار لند حمله خود به محل نگهداری سلاح‌های هسته‌ای در نقاط مختلف دنیا را شروع می‌کند. حمله‌ای به سرعت نتیجه داده و باعث می‌شود زنزیبار با در اختیار گرفتن تعداد زیادی سلاح هسته‌ای تبدیل به قدرتی جدید شده و حمله به کشورهای همسایه خود را شروع کند.
برای تماشای داستان بازی در یوتوب کلیک کنید
ذخیره‌های نفتی به پایین‌تر میزان خود رسیده و چند شوک به بازار نفت باعث می‌شود به سرعت پروژه رسیدن به سوخت‌های جایگزین مثل فیوژن پاور شروع شود. نیاز وسایل نقلیه به نفت، کشورهای مختلف را مجبور به اتخاذ تصمیمات سخت برای استخراج نفت می‌کند اما تمام این تلاش‌ها با کشف جدید محقق اهل چک یعنی دکتر Kio Marv – کیو مارو متوقف می‌شود. دکتر مارو موفق به مهندسی زیستی نوع خاصی از جلبک با نام OILIX شده که می‌توان از آن به هیدروکربون‌های نفتی رسید. مارو در راه اجلاس بین‌المللی بحران سوخت در آمریکا است که توسط نیروهای زنزیبار لند به گروگان گرفته می‌شود. ناتو در مقابل متوجه می‌شود که رهبران زنزیبار لند قصد دارند با کنترل منابع نفتی دنیا را به گروگان گرفته و همواره تهدید جنگ هسته‌ای را زنده نگه دارند.
در شرایطی که اوضاع سیاسی دنیا وارد مرحله‌ای جدید شده، سالید اسنیک توسط فاکس‌هاند از بازنشستگی خارج شده و توسط فرمانده جدید این گروه یعنی روی کمپل وظیفه پیدا می‌کند که به زنزیبار لند نفوذ کرده و دکتر مارو را نجات دهد. 14 دسامبر 1999 اسنیک به واسطه انحراف شکل گرفته در مرز چین به زنزیبار لند وارد می‌شود. بعد از نفوذ به یکی از مقرهای نظامی زنزیبار، مامور CIA یعنی هالی وایت که تحت پوشش خبرنگار فعالیت می‌کند با اسنیک تماس می‌گیرد. او وظیفه دارد تا به اسنیک را در جریان این ماموریت کمک کرده و نقش پشتیبانی را برعهده گیرد. اسنیک وارد طبقه سوم این مقر نظامی شده اما با نینجایی سیاه‌پوش روبرو می‌شود که خود را شبیه به دکتر مارو کرده. اسنیک به راحتی نینجای سیاه‌پوش را شکست داده و در ادامه متوجه می‌شود که او کسی نیست جز کایل اشنایدر، رهبر گروه مقاومت در Outer Heaven که چهار سال پیش به اسنیک در ماموریتش کمک کرده بود. اشنایدر توضیح می‌دهد که بعد از موفقیت عملیات N313، ناتو دستور به بمباران هوایی باقی مانده Outer Heaven داده و باعث کشته شدن تعداد زیادی غیرنظامی و حتی کودکان شده. او در جریان این بمباران زنده مانده اما در ادامه توسط نیروهای ناتو دستگیر شده و به عنوان موش آزمایشگاهی پروژه نینجا سیاه‌پوش ناسا مورد آزمایش قرار گرفته. او همچنین توضیح می‌دهد که به احتمال فراوان نه تنها بیگ باس زنده مانده بلکه در اصل رهبر گروه نظامی حاکم بر زنزیبار لند است و باقی‌مانده‌های گروه مقاومت را نجات داده. نهایتا اما آخرین کلمات اشنایدر راهنمایی به اسنیک برای پیدا کردن دکتر مارو بود. «گرین برت را دنبال کن».
اسنیک بعد از دنبال کردن گرین برت، به ساختمان دیگری می‌رسد که در میان آن سلولی بزرگ اما خالی قرار دارد. صدای ضرباتی به گوش می‌رسد و در ادامه کمپل با اسنیک تماس گرفته و توضیح می‌دهد که این صدا احتمالا نشان از رمزی پنهان دارند. اسنیک نهایتا با استفاده از صدا به فرکانسی رادیویی رسیده و تماس را برقرار می‌کند. در شرایطی اسنیک منتظر شنیدن صدای دکتر مارو است اما متوجه می‌شود که آن سمت این فرکانس رادیویی دکتر دراگو پترویچ مادنار قرار دارد. محققی که پیش‌تر در Outer Heaven مشغول ساخت متال گیر بود. مادنار توضیح می‌دهد که برای بار دیگر به گروگان گرفته شده تا تانک متال گیر با نام Metal Gear D را طراحی کند. دیگر خبر جدید برای اسنیک این است که رهبر زنزیبار کسی نیست جز بیگ باس. در ادامه مادنار به اسنیک توصیه می‌کند به سرعت دکتر مارو را پیدا کند که شرایط قلبی خوبی نداشته و ممکن است در زنزیبار جان خود را از دست دهد.
اسنیک با موفقیت از صحرای ناریکو عبور کرده اما شخصی ناشناس با او تماس برقرار می‌کند. شخصی که خود را طرفدار شماره یک اسنیک معرفی کرده و از حضور مین در نقاط مختلف منطقه خبر می‌دهد. در ادامه یک هلیکوپتر Hind D مانع پیشروی اسنیک می‌شود او را مجبور به عقب نشینی می‌کند. اسنیک با توصیخ هالی به دنبال موشک‌های استینگر در نزدیکی باتلاق می‌رود. اسنیک در راه پیدا کردن موشک با مزدور دیگری با نام Running Man روبرو می‌شود. شخصیتی که اسنیک را به چالش کشیده و البته در مبارزه با او شکست می‌خورد. اسنیک موفق به پیدا کردن موشک استینگر نمی‌شود اما کودکی به او توضیح می‌دهد که موشک‌ها به ساختمال اصلی زنزیبار منتقل شده‌اند تا روی تانک‌ها قرار گیرند. نهایتا اما اسنیک موفق به پیدا کردن موشک شده و با استفاده از آنها هلیکوپتر Hind D را از بین می‌برد و به حرکت خود در راستای پیدا کردن دکتر مارو ادامه می‌دهد.
در ادامه اسنیک متوجه می‌شود که هالی به گروگان گرفته شده. او موفق به نجات هالی می‌شود با اطلاعات او به پیامی متصل شده به پای یک کبوتر می‌رسد. پیامی که در اصل حاوی فرکانس رادیویی مارو است. اسنیک موفق به تماس با مارو می‌شود اما او انگلیسی صحبت نمی‌کند. اسنیک برای حل این مشکل به دنبال گوستاوا هفنر می‌رود که مامور پلیس مخفی چکسلواکی است و به عنوان محافظ مارو شناخته می‌شود. هفنر موفق شده با پوشش نیروهای زنزیبار در میان آنها نفوذ کند اما نهایتا اسنیک موفق به پیدا کردن او می‌شود. این دو با یکدیگر همراه شده و بعد از اطمینان از وضعیت مارو به سیستم فاضلاب زنزیبار وارد شده و مادنار را از سلولش خارج می‌کنند. در مسیر، اسنیک متوجه می‌شود که هفنر در گذشته با فرانک هانتر یا همان Gray Fox نامزد بوده. اسنیک همراه با هفنر و مادنار به پلی می‌رسند که آنها را به اردوگاه زندانی‌ها می‌رساند. مادنار به راحتی از پل می‌گذرد اما درست در زمانی هفنر قصد عبور دارد، موشکی به پل اثابت کرده و هفنر را مجبور به بازگشت می‌کند. مادنار در سوی دیگر پل دستگیر می‌شود و Metal Gear D وارد صحنه می‌شود که کنترلش را گری فاکس برعهده دارد. فاکس از اسنیک می‌خواهد زنزیبار لند را ترک کند و امتناع از این خواسته به مرگ او منتهی می‌شود. آسیب زیادی به هفنر وارد شده و او شانسی برای زنده ماندن ندارد. هفنر در آخرین لحظات زندگی‌اش، گل سینه خود را به اسنیک می‌دهد که با تغییر دما تبدیل به کلید می‌شود. حالا اسنیک بیش از همیشه برای شکست گری فاکس و بیگ باس مصمم است.
اسنیک در مسیر خود Four Horsemen، Jungle Evil و Night Fright را شکست داده و بالاخره به سلول دکتر مارو می‌رسد. دیر شده و مارو زیر شکنجه‌ها جان خود را از دست داده و مادنار موفق به نجات او نشده. پیش از اینکه اسنیک فرمول OILIX را به دست آورد، هالی با او تماس گرفته و توضیح می‌دهد که دکتر مادنار به گروگان گرفته نشده و داوطلبانه در زنزیبار حضور دارد تا روی پروژه ساخت متال گیر نظارت کند. مادنار که همه چیز را از دست رفته می‌بیند، اعتراف می‌کند که به شکل تصادفی باعث مرگ دکتر مارو و هفنر شده و در همین حین به اسنیک حمله می‌کند. او به راحتی از اسنیک شکست می‌خورد. نهایتا بعد از پیدا کردن کلید مورد نیاز، اسنیک موفق به باز کردن محفظه نگهدارنده شده و فرمول OILIX را به دست می‌آورد. در آخرین لحظات مادنار که حالا همه چیز را از دست رفته می‌بیند به اسنیک برای از بین بردن متال گیر راهنمایی می‌کند و تله‌ای فعال شده و اسنیک به محل قرارگیری متال گیر منتقل می‌شود. اسنیک در مبارزه‌ای سخت موفق به شکست Metal Gear D و گری فاکس شده اما تجهیزات آتش می‌گیرد. فاکس از موقعیت استفاده کرده و فرمول OILIX را از اسنیک می‌گیرد. در ادامه جورج کسلر با اسنیک تماس گرفته به او توضیح می‌دهد که فاکس در اصل همان فرانک یگر است. کسی که در مجموعه با نام فرانک هانتر هم شناخته می‌شود در اصل نامزد سابق هفنر بوده. اسنیک و فاکس در میدان مین با یکدیگر درگیر شده و قهرمان داستان به پیروزی می‌رسد. فاکس در آخرین لحظات زندگی خود توضیح می‌دهد که تاکنون چندبار بیگ باس او را نجات داده و جنگ تنها دلیل زنده بودن اوست.
اسنیک برای با دیگر فرمول را به دست می‌آورد اما با دنبال کردن صدایی آشنا به بیگ باس می‌رسد. بیگ باس در این نقطه از داستان درباره عقاید خود صحبت می‌کند. او می‌گوید: جنگی را شروع کن، شعله‌های آن را بیشتر کن و قربانی‌ها بگیر. حالا آنها را نجات بده، آموزش بده و دوباره وارد میدان جنگ کن. از دید بیگ باس، سربازهایی مثل او هیچگاه نمی‌توانند به زندگی عادی برگردند. آنها تنها زمانی حس زنده بودن می‌کنند که در میدان نبرد حضور دارند. بیگ باس نهایتا به اسنیک می‌گوید: فرقی نمی‌کنه کی اینجا پیروز میشه. مبارزه ما ادامه پیدا می‌کنه. بازنده از میدان جنگ آزاد میشه و برنده همینجا باقی میمونه. بازمانده اما باقی زندگی خود را به عنوان یک سرباز ادامه می‌دهد. اسنیک که حالا تمام تجهیزات خود را به واسطه آتش گرفتن در زمان مبارزه با فاکس از دست داده با بیگ باس درگیر شده برای بار دوم و آخر او را شکست می‌دهد. اسنیک و هالی با موفقیت از زنزیبار خارج شده و فرمول را به دست کمپل می‌رسانند. اسنیک به پیشنهاد کمپل برای باقی ماندن در فاکس‌هاند دست رد می‌زند و حالا کابوس‌های خود را پایان یافته می‌بیند. اسنیک که خود را از میدان مبارزه رها کرده به آلاسکا سفر می‌کند تا ادامه زندگی خود را در طبیعت این منطقه دنبال کند.
